Jaarlijks worden er in Egypte verschillende opgravingsprojecten uitgevoerd, waardoor
een beter beeld verkregen wordt van de oud-Egyptische samenleving in al haar facetten.
Bij een aantal opgravingen was of is Hendrikje Nouwens rechtstreeks betrokken.
Zo werkte ze van 1997 tot 2001 als assistent-registrator, registrator, campmanager
en assistent-co-director op de opgraving van Berenike, een antieke handelshaven aan
de kust van de Rode Zee, die in 275 voor Christus door Ptolemaeus Philadelphus II
werd gesticht. De verrichte opgravingswerkzaamheden toonden aan dat Berenike een
lange en interessante bestaansgeschiedenis heeft gekend, waarbij de stad een belangrijke
rol speelde in de handel tussen het Middellandse Zeegebied en de landen rond de Indische
Oceaan.
In 1997 maakte Hendrikje voor het eerst kennis met de zogenaamde Ababda, die de archeologen
in Berenike assisteerden bij hun survey- en opgravingswerkzaamheden. Op die manier
leerde ze de bijzondere leefwijze van deze nomaden kennen. Ver verwijderd van de
moderne samenleving houden de Ababda zich vast aan oude rituelen, zoals het maken
van een mattenhuis, het bakken van brood in het zand van de woestijn of het zetten
van djabana (verse gemberkoffie). Hendrikje werkte mee aan de tentoonstelling over
deze nomaden, die in 2002-2003 in het Wereldmuseum in Rotterdam te zien was.
In 2002-2003 was Hendrikje Nouwens als co-director betrokken bij een ander project
in de oostelijke woestijn: de opgravingswerkzaamheden in Sikait, dat in de oudheid
beter bekend stond als Mons Smaragdus, aangezien de bergwanden hier waardevolle smaragd
leverden. Om de winning van deze groene en zeer kostbare edelsteen mogelijk te maken,
groeven de Romeinen in de rotswanden van de wadi te Sikait diepe mijngangen en verrees
er bij de toegang tot het mijngebied een stad, waarvan de huizen tegen de berghellingen
werden gebouwd en de tempels in de rotsen werden uitgehouwen.
Tussen 2000 en 2008 was Hendrikje als registrator werkzaam in Memphis, waar het archeologisch
onderzoek vooral gericht was op het achterhalen van de technieken waarmee men in
Egypte faience maakte, een glasachtig materiaal dat door de oude Egyptenaren sinds
de pre-dynastische periode veelvuldig werd gebruikt voor de vervaardiging van allerlei
voorwerpen. Bij de opgravingen werd een faience-oven gevonden, die tot op een diepte
van bijna 4 meter kon worden uitgegraven.
Vanaf 2009 staat de site van Sakkara centraal in de opgravingswerkzaamheden van Hendrikje.
Hier werden in de oudheid in de rotswanden enorme gangenstelsels aangelegd voor de
begravingen van vele dierenmummies, waaronder een groot aantal honden. Deze hondenbegraafplaats,
die zich vlak bij de trappiramide van koning Djoser bevindt, werd bij de werkzaamheden
in kaart gebracht. Bovendien werden de resten van de hondenmummies uit de catacombe
aan een grondig onderzoek onderworpen.